Nas formas virais da amigdalite, são ministrados anti-inflamatórios, analgésicos e antitérmicos, para aliviar dor, febre e outros incômodos. Se a doença for causada por bactéria, entram em cena antibióticos, em geral ao longo de dez dias — as doses do remédio nunca devem ser interrompidas sem autorização médica, ainda que o quadro melhore significativamente logo no início do tratamento.
O uso inadequado ou abuso desse tipo de medicação leva à resistência bacteriana. Portanto, tudo tem de ser feito com indicação e orientação médica.
Em algumas circunstâncias, a alta recorrência dos episódios de amigdalite (na infância ou fase adulta) faz os especialistas optarem por um procedimento profilático: a retirada cirúrgica das amígdalas. Mas o procedimento exige análise criteriosa antes de ser recomendado.