Como os sinais e sintomas da doença causada pelo vírus Marburg são semelhantes aos quadros clínicos de outras doenças infecciosas, o diagnóstico pode acontecer de maneira tardia.
A identificação de sintomas precoces característicos da doença e dados que relacionem a uma possível exposição ao vírus indicam a necessidade de isolamento do paciente e notificação das autoridades sanitárias.
O diagnóstico pode ser realizado em laboratório a partir de amostras do paciente. As técnicas incluem o diagnóstico molecular (RT PCR), que permite a identificação do material genético do vírus, e testes de antígeno.