As medidas preventivas contra a infecção pelo vírus Marburg incluem evitar áreas com a presença de morcegos que se alimentam de frutos e o contato com primatas não humanos doentes.
Diante da suspeita ou confirmação da doença, devem ser adotadas medidas de prevenção e controle de infecção para evitar o contato físico direto com o paciente. Além do isolamento, os cuidados incluem o uso de aventais, luvas e máscaras de proteção, esterilização e descarte adequado de agulhas, equipamentos e dejetos do paciente.