A primeira diocese da Igreja Católica no Brasil, a de São Salvador da Bahia, foi criada em 25 de fevereiro de 1551 pelo Papa Júlio III, por meio da bula “Super specula militantis Ecclesiae”, com área desmembrada da Arquidiocese do Funchal. Em 3 de julho desse mesmo ano, tornou-se sufragânea (dependente) da Sé Metropolitana de Lisboa.
Em 19 de julho de 1575 cede uma parte do seu território em vantagem da ereção da prelatura territorial de São Sebastião do Rio de Janeiro (atualmente arquidiocese) e em 1614 cede outra parte para a criação da prelatura territorial de Pernambuco, atual arquidiocese de Olinda e Recife.
Em 1676, o Rei Dom Pedro II fez uma petição ao Papa Inocêncio XI, para elevar à dignidade de arquidiocese a então Diocese de São Salvador da Bahia de Todos os Santos, com a distinção de metrópole-primaz do Brasil. No dia 16 de novembro de 1676, o Papa Inocêncio XI, pela bula Inter Pastoralis Officii Curas, elevou-a a arquidiocese e Sé Metropolitana Primacial, tendo como suas sufragâneas as dioceses de Olinda e São Sebastião do Rio de Janeiro. A partir dessa data e até 13 de janeiro de 1844 os arcebispos de São Salvador da Bahia exerceram a sua jurisdição metropolítica também sobre as dioceses africanas de São Tomé e Angola e Congo (hoje Arquidiocese de Luanda).[12] A Diocese de São Luís do Maranhão, também criada a partir do desmembramento da Diocese de Olinda, ficaria subordinada diretamente à Sé lisboeta.
Em 1707 o arcebispo Sebastião Monteiro da Vide convocou o primeiro sínodo da igreja na Bahia, cujas Constituições Primeiras do Arcebispado da Bahia representam um dos documentos religiosos mais importantes do período colonial brasileiro.[13] O arcebispo deu início à construção do Palácio Arquiepiscopal de Salvador.
A arquidiocese, a primeira e maior do Brasil, cedeu muitas vezes partes de seu território para a criação de novas dioceses: a diocese de Diamantina (hoje arquidiocese) em 6 de junho de 1854; a diocese de Aracaju (hoje arquidiocese) em 3 de janeiro de 1910; a diocese de Barra, de Caetité e de Ilhéus em 20 de outubro de 1913; a diocese de Bonfim em 6 de abril de 1933; a diocese de Amargosa em 10 de maio de 1941; a diocese de Ruy Barbosa em 14 de novembro de 1959; a diocese de Feira de Santana (atualmente arquidiocese) em 21 de julho de 1962; a diocese de Alagoinhas em 28 de outubro de 1974, a diocese de Camaçari em 15 de dezembro de 2010 e a Diocese de Cruz das Almas em 22 de novembro de 2017.