Em 4 de setembro de 2006, para filmar um documentário sobre animais marinhos, Irwin mergulhava na região nordeste da Austrália quando teve seu peito perfurado por um aguilhão de arraia. John Stainton, produtor dos programas de Irwin, afirmou com lágrimas: "Ele segurou a raia e o barbilhão do animal entrou no peito dele, abrindo um buraco em seu coração. Provavelmente ele morreu na hora. Não acredito que tenha sentido dor".