Jonathan não pertence mais ao Botafogo. Junto com o Nova Iguaçu (clube que revelou o jogador), vendeu 75% dos direitos econômicos do lateral-esquerdo de 21 anos ao Almería, da Espanha, por um milhão de euros (R$ 4,5 milhões).
Os clubes dividiram igualmente a quantia recebida na negociação. Os 25% restantes ficam com o Glorioso, mas, numa venda futura, o valor também será dividido com o time da Baixada Fluminense, que tinha 50% dos direitos econômicos do jovem.
Com essa quantia, o Alvinegro pagou os salários de junho (CLT) de parte dos jogadores e os vencimentos dos funcionários referentes ao mesmo mês.
Contratado pelo Glorioso ao Nova Iguaçu quando ainda era júnior, o jogador estreou profissionalmente como alvinegro em 2019. Fez 17 partidas e dois gols. Chegou a se firmar como titular absoluto, mas perdeu a vaga para Gilson. Em junho, antes de vitória por 1 a 0 sobre o Vasco, apresentou infecção urinária e perdeu espaço.