O município de São João dos Patos surgiu na primeira metade do século XIX, com a ocupação da região por criadores e lavradores oriundos do município de Passagem Franca, atraídos pela fertilidade das terras. A aglomeração iniciou-se entre duas lagoas denominadas de "Lagoa de São João" e Lagoa dos Patos ", por esse motivo recebeu seu primeiro nome LAGOAS. Posteriormente, influenciado pela veneração, por parte dos moradores da localidade de São João Batista, que se tornaria o Padroeiro da cidade, passou a se denominar a localidade de" Lagoa de São João " e mais tarde São João dos Patos".
Teve como prefeita Joana da Rocha Santos, considerada a primeira prefeita do Brasil, mulher que se tornou lenda na região, por uma visão evolutiva para seu tempo, conhecida por Dona Noca, esta liderou uma das maiores das maiores Revoltas das história do Maranhão, O Levante de 1951.Em meados dos anos 50 o Maranhão vivia dominado pelo coronel Vitorino Freire, na eleição a oposição lançou Saturnino Belo e o atual governador lançou Eugenio Barros, que saiu derrotado, mas o coronel conseguiu anular 16 mil votos através do TSE, o que daria a vitória ao governista.Saturnino Belo morre de um infarte fulminante e fica acertado que não haveriam eleições suplementares, proclamando Eugenio Barros governador, tendo sua posse adiada para março. Só que Eugenio Barros convocou forças federais para a capital, a fim de garantir sua posse em 28 de fevereiro, descumprindo o acordo.Na capital estouraram levantes contra a arbitrariedade, levando São Luís a ser conhecida como " a ilha rebelde ". Mas não era só a capital que era rebelde, lá no sertão também estorou a revolta das Oposições Aliadas lideradas por Joana da Rocha Santos a "Dona Noca " em São João dos Patos, diz a história que sua casa era o quartel general dos revoltosos.Foi preparada uma reação com um deslocamento de tropas,com cerca de 12 mil homens que iriam rumo à São Luís para derrubar Eugenio Barros.Havia uma senha, que seria o sinal de alerta para estourar a revolta que era: " Adélia será operada dia 18 ", só que as tropas foram derrotadas pelos PM´s, mas Raimundo Bastos, " o comandante Bastos " do Exército da Libertação não foi preso e a revolta foi reprimida,ficando para história a coragem e a contribuição de um povo liderados por uma mulher de fibra que não aceitava calada as decisões do coronel Vitorino Freire.
O município de São João dos Patos está localizado a 540 km de São Luís, Capital do Estado do Maranhão, situada na micro região das chapadas do Alto Itapecuru, limita-se com os municípios de Passagem Franca, Nova Iorque, Pastos Bons, Barão de Grajaú, Paraibano e Sucupira do Riachão. Sua área territorial é de 1.682,5 km² e tem como acidente geográfico importante, a Serra dos Dois Irmãos e o Rio Parnaíba.
A economia da cidade é bastante variada se destaca como principal atividade de renda, a produção de bordados, a indústria de bebidas e beneficiamento de grãos e frutas. Se destaca na grande produção de arroz, milho, feijão, abórbora, melancia e cana-de-açucar, criação semi-intensiva de gados, caprinos e suinos.
É a cidade mais bem visitada da região do Sertão Maranhense, por ser muito festeira. Dentre as manifestações turisticas as que mais destacam são: a Exposertão (maior exposição agopecuária da região), a Vaquejada, o Patos Folia (maior micareta da região) alem dos Festejos de São João, no mês de junho e de São Francisco no mês de setembro e outubro, além do carnaval patoense é considerado um dos melhores do Estado.
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