Cada paciente experiencia a doença de uma forma diferente, mas alguns sintomas costumam ser mais comuns como a cólica durante a menstruação (que não é um sintoma decisivo, mas pode indicar que algo não vai bem), sangramentos anormais (fluxo intenso e irregular é comum em 10 a 15% das pacientes), cólicas no meio do ciclo menstrual e dispareunia (dor durante ou depois da relação sexual).
Entre 30 e 40% das portadoras de endometriose também podem apresentar dificuldade para engravidar — sendo que a doença está associada a cerca de 40 a 50% dos casos de infertilidade entre as mulheres.
Além disso, pesquisas indicam que mulheres com endometriose estão mais propensas a desenvolver doenças autoimunes, como hipotiroidismo, asma, fibromialgia, lúpus, entre outras.